德国中国商会常设机构为秘书处，地址为柏林。秘书处在总干事长的领导下完成商会日常的组织工作。秘书处负责完成商会章程赋予商会的任务，负责内部管理，开展对外交往，制定和执行年度预算，组织和实施各项活动。秘书处同时在联邦层面协调慕尼黑、北德分会以及汽车专业委员会工作。